明朝成化年间,朝纲糜烂,奸邪当道。西厂东厂为宦官把持,混淆黑白,陷害忠良,朝野表里缄口结舌。时有赵怀安(李连杰 饰)等逃亡剑客挺身而出,接连根除东厂数名奸佞,致令阉贼惶惶不安。适值此刻,风头正劲的西厂督主雨化田(陈坤 饰)出面干涉。另一方面,宫女素慧容(范晓萱 饰)怀有身孕,绝命奔逃。被雨化田的喽啰追捕途中幸得奥秘侠客凌雁秋(周迅 饰)相救。二人一路曲折逃往关外,来到从前导致过凄风苦雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔,为阴险反常之地点。雨化田手下追赶至此,与从前而至的鞑靼商队一触即发,关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟(陈坤 饰)与女侠客顾少棠(李宇春 饰)投宿客栈。不久,赵怀安一众也悄悄潜至龙门。
各方势力聚集于此,新的正邪之战行将展开,更有天大的隐秘行将掀开……